由于许多病原体是空气传媒的，呼吸系统特别容易遭受感染性疾病的伤害。人类高度社交的结果，容易使病原体沿着呼吸道温暖湿润的环境繁殖起来。受伤与创伤也经常造成问题。大型海绵的肺脏容易被破碎的肋骨刺穿。

呼吸系统发育的问题

出生缺陷遗传性疾病，于早产通常会造成婴儿的呼吸系统有问题。

透明膜疾病，是常见的呼吸疾病，约占新生儿死亡的三分之一，这是由于缺乏制造表面张力素所造成。囊性纤维变性，是影响呼吸系统，及身体其他系统的遗传性疾病，约占儿童死亡的1/20，对于呼吸系统的作用，通常是持续不断的发炎以及呼吸道感染。

肺泡的发育，直到妊娠二十周后才足以维持生命，因此，之前的子宫外生命，即使有维持生命的设备也非常难以存活。

创伤或受伤

人类特别容易流鼻血，这是因为突出的鼻子容易被碰撞而且鼻粘膜为了温暖吸入的空气，有广泛的血管分布。也可能是高血压或例如白血病等所造成。

当空气进入围绕着每个肺叶的胸膜腔使成为气胸。气胸可能是由外部的伤害引发，也可能是由于内部的状况所造成，比如肺气肿等严重性病的肺脏，使得空气进入胸膜腔，可产生气胸。

被外物堵塞是呼吸系统常见的严重创伤。海姆立克操作的简单步骤可以用来拯救噎住的人生命。简单步骤如下：

常见的呼吸系统疾病

咳嗽是呼吸系统疾病最常见的症状，急性的问题可能伴随着呼吸困难或哮喘，呼吸或循环的问题，可能造成发绀，也就是由于低氧含量的血液造成皮肤退色或蓝色。

几乎呼吸道的所有结构与区域都会变成受感染与发炎。流行性感冒是造成上呼吸道发炎症状的病毒性疾病。鼻窦炎是鼻旁窦的炎症。如果从鼻窦进入鼻腔的引流管堵塞，鼻窦炎就会相当痛苦。扁桃体炎经常是随着口区、咽区拖延很久的疾病。慢性扁桃体炎有时需要施行手术切除。喉炎是喉部发炎，通常造成生音嘶哑以及限制说话的能力。气管支气管炎，是依据名字所在区域受感染。在这些区域内严重的发炎可能造成更小的呼吸管道塌陷，阻塞空气通道。

肺脏疾病很常见且通常很严重

肺炎是急性的感染伴随着渗出物的肺组织发炎。通常是由细菌造成的，最常见的是肺炎球菌。病毒性肺炎是有一些不同的病毒所造成。肺结核而是由于吸入携带着活性肺结核菌的人打喷嚏或咳嗽的空气而被感染的一种肺脏发炎性疾病。

哮喘是一种对某些吸入的抗原过敏的人造成的疾病。哮喘造成下呼吸道管腔膨大且堵塞，通常伴随着形成黏液斑块。

胸膜炎是胸膜发炎，而且通常继发于一些其他的呼吸疾病。吸气可能变得很痛且体液可能堆积在胸膜腔内。

肺气肿是造成肺泡瓦解的疾病，而且增加空气腔隙的大小并减少表面积，经常在于严重的抽烟者中，造成死亡。

呼吸系统的癌已知是由于不断吸入刺激性物质（例如抽烟）所造成。唇、喉与肺脏的癌，特别好发展超过五十岁的吸烟者。

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